Não é um problema do jogo em si, na verdade pelo que pesquisei é uma questão de compatibilidade do Vulkan utilizado por padrão pela Godot, com placas de vídeo tanto AMD quanto NVIDIA mais antigas, principalmente integradas, no meu caso eu tenho uma GTX 750 Ti 2GB dedicada.

Caso alguém passe pelo mesmo, a solução que encontrei, foi iniciar o jogo com OpenGL 3, para configurar:

- Abra a GOG e vá em jogos instalados;
- Clique com o botão direito no Sapo 3D e abra "Gerenciar instalação" > "Configurar";
- Na aba "RECURSOS", clique em Duplicar;
- Em "Argumentos" copie e cole o seguinte sem aspas "--rendering-driver opengl3";
- Clique em OK e tente executar o jogo normalmente.

O jogo é muito divertido e bem feito, parabéns para quem o fez, já sou fã do jogo! haha