Pour un peu plus de précision que commentcamarche, la plupart des lecteurs vidéos alternatifs (VLC, MPC-HC, mais aussi des lecteurs commerciaux) supportent les sous-titres. Généralement on peut les ouvrir via le menu, comme expliqué sur le lien commentcamarche, ou alors, ils peuvent être détecté automatiquement en les mettant dans le même répertoire que la vidéo, avec le même nom de fichier. Par exemple, pour une vidéo qui s’appellerait film.avi, le fichier sous-titre serrait film.srt
Il est également possible de supporter plusieurs sous-titre (plusieurs langues différentes, ou bien des sous titres pour sourd et malentendant) en ajoutant un suffixe précédé d'un point au nom de fichier du sous-titre.
Pour reprendre mon exemple précédent, on peut le nommer "film.fra.srt" pour les sous titres français, et film.eng.srt pour les sous titres anglais.
Le lecteur vidéo permet généralement de choisir quel sous titre on veut au moment de la lecture via les menus.
Avec certains format vidéos, tels que mkv ou mp4, il est également possible des les intégrer directement dans le fichier vidéo, tout en les gardant optionnel à la lecture. Il faut pour cela utiliser un logiciel capable de remuxer les vidéos.
Personnellement, toute ma collection vidéo étant en mkv, j'utilise mkvmerge, qui est assez simple à utiliser, mais il existe sûrement d'autres programmes supportant les autres format vidéos.